Länsi- ja Sisä-Suomen aluehallintovirasto on myöntänyt Etelä-Pohjanmaan ely-keskukselle luvan raputaloudelliselle kunnostushankkeelle, jolla ehkäistään ja kompensoidaan Perhonjoen säännöstelyhankkeesta rapukannoille aiheutuneet vahingot Perhonjoessa ja Perhonjoen keskiosan järviryhmässä.
Kunnostustöiden valmistuttua alueelle istutetaan 35 500 rapua.
Kunnostustoimenpiteet käsittävät rapujen suojapaikkojen rakentamista kivimateriaalista ja rapuistutuksia, jotka kohdistuvat Kokkolan kaupungin, Kaustisen ja Kruunupyyn kuntien alueille. Tarkoituksena on saada rapu palautettua Perhonjoen alajuoksulle ja Kaitforsin voimalaitoksen yläpuoliseen järviryhmään. Etelä-Pohjanmaan ely-keskuksen tavoitteena on aloittaa kunnostustyöt ensi vuonna.
Perhonjoen nahkiaisenpyytäjille on jo korvattu säännöstelyhankkeesta aiheutuneet vahingot. Etelä-Pohjanmaan ely-keskus on sopinut nahkiaisten pyytäjien ja vesialueiden omistajien kanssa nahkiaissaaliin menetyksestä maksettavista korvauksista. Yhteensä korvauksia vuoden 2004 jälkeen aiheutuneesta haitasta on maksettu reilut 700 000 euroa. Perhonjokea on säännöstelty 1980-luvun alusta lähtien ja säännöstelyn tavoitteena on tulvasuojelu ja vesivoimantuotanto.