Etelä-Pohjanmaan ely-keskus on käsitellyt kaksi Vaasan hallinto-oikeuden kumoamaa päätöstä merimetsojen metsästyksestä Vöyrin Oravaisissa ja Kristiinankaupungissa. Uudessakaan käsittelyssä ei saatu selvitystä, jonka perusteella merimetsojen voitaisiin osoittaa aiheuttavan vahinkoa siinä määrin, että edellytykset poikkeusluvalle olisivat olemassa.
Vuonna 2013 ely-keskus myönsi poikkeusluvan merimetsojen metsästämiseen Oravaisissa ja Kristiinankaupungissa. Oravaisissa oli lisäksi haettu lupaa munien rei’ittämiseen, mutta tähän ei myönnetty lupaa muulle pesimälinnustolle aiheutuvan häiriön estämiseksi. Vaasan hallinto-oikeus palautti luvat valitusten johdosta ely-keskukselle uudelleen käsiteltäväksi. Hallinto-oikeus katsoi, että kalakannoille ja kalastukselle aiheutuvaa vakavaa vahinkoa ei ollut hakemuksissa riittävästi osoitettu. Aikaisemmin merimetsojen metsästys Oravaisissa on ollut korkeimman hallinto-oikeuden käsiteltävänä. Myös korkein hallinto-oikeus piti selvitystä riittämättömänä poikkeusluvan myöntämiseksi.
Asioiden uudessa käsittelyssä ely-keskus hankki lisäselvitykseksi muun muassa Suomen ympäristökeskuksen ja Riista- ja kalatalouden tutkimuskeskuksen lausunnot. Myös metsästyksen teho Itämeren merimetsokannan sääntelyssä on asetettu kyseenalaiseksi, koska lintujen metsästysaikaan suuri osa Pohjanlahdella liikkuvista merimetsoista on muuttomatkalla olevia yksilöitä Jäämeren rannoilta.
Poikkeuslupien myöntäminen lintujen rauhoitussäännöksistä edellyttää lintudirektiivin mukaisten edellytysten täyttymistä. Lupa voidaan myöntää kansanterveyden ja yleisen turvallisuuden, lentoturvallisuuden, viljelmille, kotieläimille, metsille, kalavesille ja vesistöille koituvan vakavan vahingon tai kasviston ja eläimistön suojelemiseksi sekä tutkimus- ja opetustarkoituksiin.
Poikkeuslupien myöntäminen on lintudirektiivin mukaan viimesijainen keino, eli edellytyksenä on, että muuta tyydyttävää ratkaisua ongelmiin ei ole. Oikeuskäytännössä on katsottu, että poikkeuslupaedellytyksiä tulee tulkita suppeasti ja yleisluonteisia selvityksiä lintujen aiheuttamista vahingoista ei voida pitää riittävinä. Ely-keskus katsoi, että oikeuskäytännön perusteella lupia ei voitu myöntää.
Lintujen rauhoitussäännöistä poikkeamista koskevat luvat on keskitetty Varsinais-Suomen ely-keskukseen vuoden 2015 alusta. Jatkossa merimetsoja ja lokkeja koskevat lupa-asiat ratkaistaan pääsääntöisesti Varsinais-Suomessa.